森林小學創校以來就採住校模式，讓孩子有足夠長的時間「體驗自然」，這包含兩個面向： 一是，真實的自然，森小設校在較貼近自然的環境裡，能讓孩子學習脫離物質文明的牽絆或控制，找回和自然相處的能力。 另一方面是，社會性的自然，讓孩子以獨立的姿態，學習照顧自己、與人互動。

另外，住校的形式可以降低孩子在森小的學校教育和家庭教育間適應的落差。 一方面，森小有完整的影響孩子的機會；另方面，爸媽也有時間調整親子互動的方法，更能提高親子關係的品質。

孩子寒暑假及每個週末都返家（週五下午三點放學，週一上午八點半上學），每週在校時間五天四夜。晚間有生活老師專責照顧孩子的生活起居，並且提供生活教育。家長則在平日晚間參加學校舉辦的成長班課程，逐步與學校建立協助孩子成長的合作默契。